Św. Jan Paweł II był zasmucony tragedią z 11 września, ale także zaniepokojony sposobem, w jaki społeczność międzynarodowa odpowiedziała na terroryzm. W 2002 r., w swoim corocznym orędziu na Światowy Dzień Pokoju, uznał on prawo państw do obrony, pod pewnymi jednak warunkami:
Istnieje prawo do obrony przed terroryzmem. Jest to prawo, które — jak wszystkie inne — powinno odpowiadać zasadom moralnym i prawnym zarówno w doborze celów, jak i środków. Trzeba, aby identyfikacja winnych była należycie przeprowadzona, ponieważ odpowiedzialność prawna jest zawsze osobista. Nie wolno jej rozciągać na narody, grupy etniczne czy religijne, do których należą terroryści.
Terroryzmu nie zwalczy sama siła militarna
Ojciec święty uważał przy tym, że odpowiedź militarna nie może być jedynym rozwiązaniem. Opowiadał się za wyeliminowaniem pierwotnych przyczyn powstawania organizacji terrorystycznych:
Współpraca międzynarodowa w walce z terroryzmem winna obejmować szczególne wysiłki polityczne, dyplomatyczne i ekonomiczne. Należy z odwagą i determinacją rozwiązywać ewentualne sytuacje ucisku i izolacji, które mogą prowokować narodziny ideologii terrorystycznych. Łatwiej bowiem werbować terrorystów w kontekście społecznym, w którym deptane są prawa ludzi i zbyt długo toleruje się niesprawiedliwość.
Organizacje terrorystyczne wzrastają w warunkach ucisku i ubóstwa. Jeśli podstawowe przyczyny powstawania terroryzmu nie zostaną wykorzenione, wróci on jeszcze silniejszy.