Chociaż o. Pio miał bez wątpienia cechy świętego już za życia na ziemi, nie oznacza to, że nie zmagał się z własnymi słabościami. W szczególności trudno było mu zachować spokój jako spowiednikowi.
W książce Ojciec Pio: prawdziwa historia jej autor C. Bernard Ruffin opisuje chwile, w których święty zakonnik stawał się bardzo nerwowy, a potem tego żałował.
W czerwcu 1920 r. o. Pio tak pisał do o. Benedetta: Jedyną moją bolączką jest to, że mimowolnie i nieświadomie zdarza mi się podnosić głos, kiedy kogoś upominam. Zdaję sobie sprawę, że jest to wstydliwa słabość, ale jak mogę jej przeciwdziałać, skoro dzieje się to bez mojej świadomości? Chociaż modlę się, wzdycham i skarżę się na to naszemu Panu, On jeszcze nie wysłuchał mnie w pełni. Co więcej, mimo całej mojej czujności, czasem robię to, czego naprawdę się brzydzę i czego chcę uniknąć.
Jednym z powodów, dla których ojciec Pio jako spowiednik wpadał w gniew, było spotkanie penitenta, który nie żałował szczerze za swoje grzechy. Innym razem o. Pio za swoje napady złości winił przepracowanie i widok tak wielu zatwardziałych, nieskruszonych grzeszników. Czasami pozwalał sobie wtedy myśleć, że być może jego własny gniew był odbiciem Bożego oburzenia.
Wielu takim zatwardziałym penitentom odmawiał udzielenia rozgrzeszenia, prosząc, by wrócili, gdy będą na nie gotowi. Większość z nich istotnie wracała do konfesjonału, uznając wagę swoich grzechów i wyznając prawdziwą skruchę.
Każdy święty miał swoje własne problemy i słabości, a dla o. Pio jednym z nich były napady złości w konfesjonale.
Dziś świętujemy...