Pierwsze ślady osadnictwa na wzgórzu watykańskim sięgają czasów rzymskich, gdy teren zajmowały cyrk Nerona i nekropolie. Po przeniesieniu relikwii św. Piotra w IV w., miejsce stało się święte, ale pierwsi papieże rezydowali głównie w Pałacu Laterańskim. Kryzys awinioński (1309–1377) zmienił to: po siedmiu dekadach w południowej Francji, Grzegorz XI powrócił do Rzymu 17 stycznia 1377 r., zastając Lateran w ruinie po pożarach i zamieszkach. Wybrał Watykan dla bliskości bazyliki, co zapoczątkowało stałą obecność papieży na tym wzgórzu.
Średniowieczne fundamenty
Rozbudowę zainicjował Mikołaj III Orsini (1277–1280), budując pierwsze mury obronne, wieżę Bonifacego VIII i loggie z freskami, chroniące przed rzymskimi frakcjami. Bonifacy VIII (1294–1303) dodał Apostołową Wieżę, a Benedykt XI i Klemens V kontynuowali prace. W XIV w. Klemens VI (1342–1352) wzniósł Wielką Kaplicę, ozdobioną przez Matteę Giovannettiego, a Urban V – sale konsystorzowe. Te wczesne struktury łączyły funkcje obronne z ceremonialnymi.
Renesansowa metamorfoza
Największy rozkwit przyniósł XVI w. Sykstus IV (1471–1484) zbudował Kaplicę Sykstyńską (1475–1481), z freskami Botticellego, Ghirlandaya i Perugina; jej ściany boczne namalował później Michał Anioł (1508–1541). Sykstus V (1585–1590) rozpoczął 30 kwietnia 1589 r. gruntowną przebudowę, tworząc Sala Regia, Scala Regia (projekt Prota da Ponte) i Biblioteca Apostolica. Dokończyli to Innocenty VIII (Kortile del Belvedere), Urban VII, Innocenty XI i Klemens VIII, czyniąc pałac labiryntem sal, galerii i ogrodów.
Barok, nowożytność i modernizacje
W baroku Aleksander VII Chigi (1655–1667) zlecił Berniniemu Colonnato Piazza św. Piotra i Skalę Królewską. XIX-wieczni papieże – Pius IX i Leon XIII – dodali muzea (np. Muzeum Papierskiego) i biblioteki. Pius XI (1922–1939) ukończył Cortile del Pappagallo i ostatnie apartamenty. Wojna światowa ominęła kompleks dzięki neutralności Watykanu. Jan XXIII otworzył go dla turystów w 1964 r.
XX wiek i era współczesna
Paweł VI (1963–1978) przeniósł administrację do Pałacu Gubernatorialnego, czyniąc Pałac Apostolski głównie ceremonialnym. Jan Paweł II (1978–2005) i Benedykt XVI (2005–2013) używali znajdujących się tam apartamentów prywatnych. Franciszek, wybrany w 2013 r., opuścił je już po tygodniu, przenosząc się do Domus Sanctae Marthae uzasadniając to chcę bycia bliżej wiernych – pozostały puste przez ponad 12 lat.
Powrót Leona XIV – symboliczny restart
Papież Leon XIV, wybrany w 2025 r. jako następca Franciszka, zdecydował o powrocie do Pałacu. Po 9–13 miesiącach remontu (odnowiono sufity, instalacje elektryczne, dach; dodano prywatną kaplicę, siłownię, sale medyczne i biura dla współpracowników), następca św. Piotra wprowadził się 14 marca 2026 r. opuszczając Palazzo del Sant'Uffizio. Apartamenty urządzono ascetycznie – z meblami ze sklepów sieciowych, bez okien na Plac św. Piotra – tworząc klasztorną wspólnotę z sekretarzami (m.in. Marco Billerim, Ivanem Rimacuyą), augustianami i siostrami zakonnymi, nawiązując do św. Augustyna. Ta decyzja kończy "dekadę pustki", podkreślając ciągłość historii pałacu jako symbolu papiestwa.
