Czas spędzał na modlitwie w
kaplicy na Wawelu, nazwaną później jego imieniem. Wcześniej w tym miejscu znajdowała się Kaplica Kazimierza Wielkiego, którą zburzono, a na jej fundamentach po śmierci pierwszej żony króla – Barbary, wzniesiono nową kaplicę-mauzoleum. W katedrze wawelskiej znajduje się aż 19 kaplic, ale najbardziej znaną jest właśnie Zygmuntowska.